(1) 我的问题是?
→我使用的数据集是BraTS成人脑胶质瘤数据集,数据集中包括T1、T1ce、T2、Flair四个序列,我想对数据集进行偏置场矫正和Z-Score归一化。我对偏置场矫正和归一化都使用了仅对原图像体素非0的ROI区域进行处理,我在处理的过程中思考了一下问题
1.在偏置场校正后,我发现在视觉上可以看出肿瘤区域与正常组织的边界因为矫正而变得模糊(肿瘤在原图中强度值与正常组织差异比较大,有些体现为白色区域,经过偏置场校正后,与正常组织视觉上变得接近),我担心会影响图像的最终效果。
2.在zscore中,背景的值原本为0,我仅对前景区域处理后,背景值会处于图像前景值的中间,例如一组图像经过归一化后最大值为13.46,最小值为-2.50,原先被设置为0的背景处于这两者中间,我担心会影响模型的效果。
(2) 为解决此问题我查阅过哪些资料?
→我查阅过资料,目前对于图像多序列多站点医学数据图像,使用N4+Z-Score+Combat进行预处理能使得模型达到最好的效果,但因为BraTS是匿名数据,无法使用Combat方法,所以使用N4偏置场矫正+Z-Score,并只针对ROI区域处理。
查阅过资料和论文,没有N4算法的详细参数或者其他方法对肿瘤区域的优化;Z-Score方面,我查看了nnunet的预处理代码,Z-Score使用了值非零的掩码,之后没有对背景区域做处理。
(3) 我做过哪些尝试解决该问题?
→我对前景区域(原始数据值非零)做一次N4,再对肿瘤区域在做一次N4,但是并不能解决N4带来的肿瘤边缘模糊的问题。
Z-Score中,我原本想把背景值再统一设置为某个值,但这个值的设置似乎需要考量。
(4) 目前我对该问题的反思和猜测是?
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