// 理论上可以做,但不同研究上的效果未可知。因为jpg等图片格式的灰度范围(或称为"窗宽")通常不如专业医学影像格式(如nifti,dicom等)大。个人没有看过文献使用图片格式进行医学影像的相关研究,有见过的朋友可以讨论。

为什么医学影像研究不能用普通图片格式?
从DICOM说起

本文要点:
1、DICOM文件的头文件里包含重要信息,是普通图片格式没有的。
2、DICOM文件的“灰阶”范围比普通图片大得多。

因为我个人是在浙大研究所里做研究,所以从没想过标题中的问题。与临床医生们交流多,发现很多人面临这样的问题,获取医学影像数据手续繁琐,实践中获取png或jpg一类的影像更加容易。那么,像png和jpg这类图像文件适不适合做研究呢?答案是否定的。这要从DICOM医学影像文件说起。

DICOM全称Digital Imaging and Communications in Medicine,中文一般翻译为“医疗数字影像传输协定”。严格来讲,DICOM不仅是一种影像格式,还包含网络传输协议。是由多家协会制定的,对医学影像进行处理、储存、打印、传输的标准协定。它涵盖几乎所有临床医学影像,包括X射线,CT,核磁共振,超声等。目前采用的是DICOM 3.0版本协议。

DICOM文件由Header头文件以及Image影像两部分构成。注意,重点来了。DICOM的Header头文件是我们平时使用的png、jpg等图片文件所没有的。那么Header里面包含了什么呢?主要包括四类信息:Patients病人信息,Study检查信息,Series序列信息以及Image图像信息。
病人信息主要包括患者姓名、性别、ID等。
检查信息包括检查号、检查时间、检查部位等。
序列信息包括检查模态(MRI,CT,DR等),影像层厚等信息。
影像信息对医学影像相关的研究可能至关重要,因为里面包含了图像采样率、分辨率、像素物理间距等等。
从这里我们可看到,例如我们想计算ROI(感兴趣区)体积时,Header中的像素物理距离就成了必不可少的。而这是png、jpg文件无法提供的。

此外,从图像本身角度讲。Png、jpg一类的图像通常是0 ~ 255,共256灰阶表示。而DICOM显然不同。例如CT影像的中“灰度”的单位是Hounsfield,简称Hu,范围是-1024 ~ 3071(通常转换到0 ~ 4096范围)。以此衡量人体组织对X射线的吸收率。且定义水的吸收率为0 Hu。由此可见,DICOM比普通图片格式有着更加精细的“灰度分辨率”。

本文仅是对DICOM文件的科普,更加细致的内容请参考DICOM协议文件。另外美国诊断医学物理师,西安电子科技大学贾广教授的视频课程对DICOM进行了比较清晰的介绍。(B站搜:BV1JJ411W7Fv)

    hahh 我觉得可以做 只不过提取的特征可能就。。。。。

      bbs
      没见过有人发文章医学图像组学研究是从JPG格式文件里提取特征的,所以我觉得应该不用试了😂

        2 个月 后

        李任远 请教一下,如果我将dcm格式文件转为jpg格式文件,然后用代码设置矩形框(坐标我还保留着)裁剪出了大致的ROI区域,也是jpg格式的。现在我想用pyradiomics提取特征,我该怎么做呢?我看提取取器需要两个参数,一个原图,一个mask。
        我需要把裁剪出的ROI区域图片转化为nii吗?转回nii对信息有没有影响? 还是说我前面的步骤不太对,需要重新做一下? 拜托您指点一下,谢谢了!!!

          1 年 后
          1 个月 后

          李任远

          老师,您好!用于影像组学特征提取的MRI图像,由DICOM转为NIFTI格式。随后ITK-SNAP打开sub001_T1WI.nii文件,文件显示有冠、矢、轴三个层面图像,但只有矢状位图像是清楚的,可阅片的,冠状位和轴位模糊不清。若继续在矢状位画ROI,此类MRI图像是否可用于特征提取?

            2 个月 后

            李老师,我手里有些超声图像,是直接从机器导出的病变区域淋巴结的灰度图、弹性成像还有微血流,都是BMP格式,机器导出DICOM是附加功能,我们医院没有买,想请教一下,这种情况,应该用什么方法画ROI出来啊?

              14 天 后

              wucen 你可以查一下超声影像深度学习的文献,肯定会有部分文献提及详细使用的软件或方法。

                2 个月 后

                loveling 你好,我遇到了和你一样的问题,请问能进一步向你请教下问题吗?

                  3 个月 后
                  19 天 后

                  我见过一些超声的文章是jpg,tiff都有在做,有一篇还是来自田捷教授团队的文章。好像区别是小滤波的数量会变少

                  而且我自己做过,超声不管是存在机器或者工作站,它都是一个8bit的图像。对于图像矩阵来说,DICOM和JPG都是一样的,差别是DICOM是三维(第三维度只有1层),JPG只是二维。

                    1 年 后

                    lm7 您好我手上有一部分超声的图像,是jpg格式的。但是我不知道自己的图像质量是否可以做。可以像您请教下吗。

                      1 个月 后

                      超声工作站导出的JPG格式150kb,BMP格式550k。信息中心导出的DICOM格式1200kb。

                      我也是小白,但是如果超声二维图片的深度学习,最好还是使用DICOM格式。

                      请各位老师批评指正!

                      7 个月 后

                      bbs 试过了,提取的特征反映不出问题

                        说点什么吧...