如题,我看到别组影像组学文档中提到
提取特征前要读取所有图像窗宽窗位信息后取平均值对所有图像窗宽窗位进行统一
请问这个步骤是必要的吗
要看你的研究数据、研究方法。例如:你是将影像转换成二维图像后纹理分析或者组学特征提取,那么图像的窗宽窗位不一致,会导致结果不准确、效能降低,对于RGB通道的图像来说,不同的窗宽窗位所给出的视觉纹理信息是有很大差别的。这个跟研究前先做标准化、归一化是相通的性质。
强璐
谢谢老师回复
我的研究数据是nrrd文件,是使用pyradiomics提取特征,先前并未转化为灰度图像
我在处理数据的过程中发现我nrrd文件中的头文件和metadata(元数据)似乎都没有窗宽窗位的信息,在网上搜索读取nrrd文件的窗宽窗位的方法也一无所获
但是在阅片软件上(3d slicer以及itk-snap)却能正常显示并调整窗宽窗位
请问我这种情况仍需统一窗宽窗位吗?
Crazy_Li_15 dicom文件包含完整的灰度值信息,由于肉眼最多只能识别20多个灰阶,不能完整的展示灰度值信息,而人为增加了一个灰阶展示窗,通过调整窗宽、窗位,每次仅展示部分灰度信息,使肉眼更好的辨别到不同体素之间的灰度差异。如果你用DICOM格式的数据跑组学特征提取,可以无需调整窗宽窗位。个人理解仅供参考,你可以贴出你看到的文档,让我确认一下。nrrd和nifit格式对dicom文件做了封装,具体的我没研究那么深,但是dicom中完整的灰度信息是保留下来的,这点不同于dicom转格式到png等二维图像格式,通过RGB通道存储的信息不能完整的覆盖dicom数据中所有的灰度信息。
哦哦好的,谢谢老师,我理解了
这个文档只是比较粗略的影像组学流程描述,最近在与其他大学同任务的同学交流的时候也被问到提取前窗宽窗位是否一致,故来论坛交流解惑
我查阅了下nrrd文件的特征,nrrd文件的数据是近乎原始光栅数据,应该是包含了所有灰度信息的,我后面再问问文档来源组的同学和看下pyradiomics文档有没有跟nrrd文件相关的内容
Crazy_Li_15 👍赞,我没深入的看过nrrd格式、pyradiomics包的文档,不过之前我们自己跑的结果是,nifit格式的数据调整或不调整默认窗位,对最终提取的特征值无影响。