PyRadiomics支持哪些输入图像和掩膜的文件类型?
PyRadiomics使用SimpleITK进行图像加载和处理。因此,所有由SimpleITK支持的图像类型都可以作为PyRadiomics的输入。请注意,图像/掩膜只能提供一个文件位置。
如果您的输入图像是DICOM格式,事情会变得更加复杂。如果您要处理以DICOM格式存储的单个2D图像切片,可以像使用其他格式一样使用它。然而,如果您正在处理一个体积数据集,您应该首先确认您拥有的DICOM文件对应于单个图像序列。如果您不确定,可以使用dicomsort等工具对数据进行排序,以便每个序列有一个单独的目录。然后,您可以使用plastimatch convert或dcm2niix将DICOM序列转换为ITK可读的体积格式。
如果您的标签以DICOM格式定义,这可能意味着不同的事情。首先,检查带有标签的数据集的模态。您可以通过使用dcmdump来检查,然后检查显示“Modality”的那一行。您可以在这里找到此工具的二进制包(如果您想从Atom编辑器更方便地查看DICOM文件,还可以使用dicom-dump包)。
如果模态是图像(例如,CT或MR),使用plastimatch或dcm2niix将图像转换为3D体积。 如果模态是RT,请使用plastimatch将结构集的轮廓转换为3D体积。 如果模态是SEG,请使用dcmqi将体素分割转换为3D体积。 我们还提供了一个“实验室”(实验性)脚本pyradiomics-dcm,它可以自动执行这些转换,并将生成的特征保存为DICOM SR。