在很大程度上,是的。
PyRadiomics开发也参与了IBSI团队的标准化工作。然而,PyRadiomics和IBSI文档中定义的特征提取之间还是存在一些差异。这些差异出现在存在几种同样有效的替代方案的地方。在其中一些情况下,PyRadiomics选择了一种替代方案,而IBSI标准推荐另一种。为了保持PyRadiomics开发的一致性,我们选择不改变PyRadiomics的实现,而是记录差异。
最值得注意的是灰度离散化(仅针对固定bin大小类型)和重采样的差异。这些差异不能仅通过自定义设置进行修正,而需要使用自定义函数替换:
分箱:在使用固定bin宽度进行灰度离散化时(又称IBSI:FBS,固定bin大小),如果设置了重新分割(最明显的是情况A和C),IBSI会计算从重新分割范围的最小值(如果是绝对重新分割)或最小强度(如果是σ重新分割)开始的等间距bin边缘。
在PyRadiomics中,使用固定bin宽度的灰度离散化始终使用从0开始的等间距bin边缘,确保最低灰度级被离散化到第一个bin。无论重新分割等情况如何。
重采样:
网格对齐:在IBSI中,通过对齐图像的中心来对齐重采样网格,而在PyRadiomics中,我们对齐原点体素的角。这可能导致稍微不同的插值结果,甚至重采样图像和ROI的大小略有不同,从而导致提取的特征值之间的差异。 灰度值舍入:在IBSI中,他们认为,如果原始强度值来自某些较低精度的数据类型,重采样值(通常是64位的浮点数)应该重新采样到类似的分辨率。在IBSI幻影的情况下,重采样到最近的整数。PyRadiomics没有实现这一点,因为差异可能很小,因此增加复杂性而非增加提取值的意义。特别是考虑到在计算大多数(除一阶外)特征之前,灰度值都是离散化的。如果进行了某种归一化,则灰度值的意义也会发生变化。这里的差异是因为小的舍入差异可能导致体素被分配到不同一个bin,这可能会导致特征值结果的显著变化,特别是在较小的ROI中。
掩膜重采样:在IBSI中,还可以为掩膜重采样选择不同的插值器,并附加阈值以检索二值掩膜。这仅在掩膜限于零和非零(即1)值时有效。PyRadiomics还支持具有不同值标签的掩膜,允许通过指示不同的标签值从同一掩膜文件中提取不同的ROI。为防止任何不正确的重新分配,PyRadiomics强制掩膜重采样为最近邻。
接下来,还有一些差异可以通过自定义设置解决,本例仅适用于配置E,即同时执行绝对和σ重新分割。在PyRadiomics中,两种类型都已实现,但一次只能选择一种。为了模拟应用两种类型,我计算了重新分割后的绝对范围,并将其用作绝对重新分割范围:[-718, 400]
最后,在PyRadiomics和IBSI中,一阶特征:峰度的计算存在差异。IBSI计算的是超额峰度,即峰度减3。PyRadiomics计算的是峰度,比IBSI高3。这个差异的原因是高斯分布的峰度为3。
所以总结起来,PyRadiomics结果和IBSI基准之间的差异原因,分别对应各种情况:
配置C:由于灰度离散化和重采样的差异 配置D:由于重采样的差异 配置E:由于重采样和重新分割的差异