• 问与答
  • 关于彩色图像做影像组学的问题?

我目前图像是彩色图像,看了B站的影像组学视频,也查了相关的文献发现,radiomics通常处理的都是CT PET或者MRI图像,我比较关注我可否用彩色图片做组学分析,我仔细查找了网站,恰好上面有一个问答环节关于是否可以采用JPG做影像组学,
网站上的回答是:
1、DICOM文件的头文件里包含重要信息,是普通图片格式没有的。
2、DICOM文件的“灰阶”范围比普通图片大得多。

我试着用目前的数据做了特征提取,
1.提取出来的特征(firstorder 18个,GLCM 24个,GLRLM 16个,GLSZM 16个,NGTDM 5个,GLDM 14个)=93个,然后分为original, log_sigma_1_0, log_sigma_2_0, log_sigma_3_0, log_sigma_4_0, log_sigma_5_0, wavelet_LH,wavelet_HL,wavelet_HH,wavelet_LL这10种,每种93个特征,共计930特征,对比文献我发现,我的信息中缺乏shape信息,我是不是可以理解为,缺少的shape信息就是由于普通图片格式缺乏DICOM文件的头文件造成的?
2.虽然DICOM文件的“灰阶”范围比普通图片大得多,但是普通图片提取出来的信息即使损失了一些"灰阶"信息,应该也能描述不同病理细胞特征差异吧?

    这是一个微信讨论群里的优秀提问,满足了《提问的智慧》里列举的提问三要素,请大家参考,这类优秀提问除非是偏离讨论主题太远或者太过深奥,一般人是忍不住都想予以解答的。特请楼主转发到本坛里,以供参考。
     

    Pika:涂片跟病理和超声一样,都是二维的普通图片格式,跟三维的dicom图像有本质的区别,你可以直接做纹理分析,dicom tag的3d空间信息和dicom灰阶信息对影像组学特征提取筛选很重要,而这是普通图像没有的。影像组学从广义理论来说应该包括纹理分析这个步骤,你其实可以只做这部分就行了,提取二维的纹理体征,加上临床特征、时间特征,也可以组成多维统计模型

    Li:你的想法是对的,两个问题都是,如果想用彩色图片做,需要调整代码,我的一个想法是可以把彩色图片的三通道分别保存成灰阶图片。很好的提问👍

     

    楼主:嗯嗯,我目前确实是把三通道分别分开操作的

    Li:我不知道是否有这么做的,但看上去很酷,说不定是个非常有价值有意义的研究,如果你看过相关的研究文献,也可以分享一下,谢谢!

     

    楼主:我没有找到用这类图片的,所以不太有把握这样操作是否可行,因为刚刚接触影像组学的问题,对其具体的原理吃的不透,所以我想问问你们我的思路是否正确。

    Li:我觉得挺有意思,因为颜色本身是具有有效信息的,我没见过,但我觉得很有意思,况且深度学习是有这么玩的,在影像组学中应用,我认为是可以的。

     

    楼主:我还想问一下,我当前提取出来的信息之中,没有shape信息,这个shape信息是必不可少的吗?刚才小屁卡老师所说的纹理操作,可以提供一个关键词吗?应该怎么做

    Li:这个看你的研究了。

    Pika:搜文献用文理分析这个关键字吧,我了解的也不多,抱歉哈~ 回头有空的时候把这个问题放 radiomicsworld.com 论坛里吧,有好几个人问过类似的问题了,这个问题也很有参考性,并且你的这个提问是最优秀的,该有的信息都包含了,感谢!

     

      3 个月 后
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