本笔记来源于B站Up主: 有Li 的影像组学系列教学视频
本节(21)主要介绍: 压箱底的好用软件推荐
[注]：李博士主要从事脑神经领域的研究，所以部分软件具有专业性。
　
　
dicom到nifti的格式转换：
AFNI (https://afni.nimh.nih.gov/)
dcm2niix_afni
　

影像预处理：
TORTOISE(https://tortoise.nibib.nih.gov/) ，并结合AFNI
3dresample: 对结构像插值
3dAFNItoNIFTI: 格式转换
ImportNIFTI: 导入DTI影像
DIFFPREP: 扭曲和运动校正
TORTOISEBmatrixToFSLBVecs: 生成bval, bvec 文件
　

配准：
ants (https://stnava.github.io/ANTs/)
antsRegistrationSyNQuick.sh 配准
antsApplyTransform 转换
　

ADC, FA 等参数图计算：
MRtrix3 (https://mrtrix.readthedocs.io/)
mrconvert: nii 到mif 的格式转换
dwi2tensor, dwi2mask, tensor2metric
　

影像矩阵的数值计算、变换等：
fsl, fslmaths, fslswapdim, 等
　

纤维追踪
MRtrix3 (https://mrtrix.readthedocs.io/)
　

作者：北欧森林
链接：https://www.jianshu.com/p/23febb5bb268
来源：简书，已获授权转载